<div dir="ltr">Hi Ming,<div><br></div><div>Gradient Overplus table needs to be recalculated IF your image has oblique angles. If your images were acquired with the simple axial plane, there is no need for recalculation.</div><div>Very often the axial plane is tilted depending on the orientation of the head position. Then you need to regenerate a new table by feeding oblique angle information to one of these programs.</div><div><br></div><div>This is also true for certain Siemens data.</div><div><br></div><div>If you are using DtiStudio and DICOM files, DtiStuio support automatic reading of DICOM b-table and axial oblique information and recalculation of the table by choosing "rotate gradients if applicable" option, but this works only for certain DICOM versions. So you need to test this function.</div><div><br></div><div>If your DICOM files are not supported, you need to rely on one of the programs you listed. For the #1 program, I believe the calculator only needs the b-table and oblique angle information, although the angle information is obtained from the PAR file. I'm not sure where is the corresponding information in DICOM header.</div><div><br></div><div>Susumu</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Wed, Jul 13, 2016 at 11:51 AM, Ming Peng <span dir="ltr"><<a href="mailto:datou06415@gmail.com" target="_blank">datou06415@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><span style="font-family:Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:13px">Hi: </span><br style="font-family:Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:13px"><span style="font-family:Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:13px">  I have a dataset of DICOM files (a directory contains lots of .dcm files), and these data are collected from Philips device with "gradient overplus" option on. </span><br style="font-family:Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:13px"><span style="font-family:Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:13px">  After googling, I found that the gradient table of these data should be recalculated if the "gradient overplus" option is on for Philips devices. And I </span><span style="font-family:Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:13px">found several tools: </span><br style="font-family:Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:13px"><span style="font-family:Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:13px">  1 - DTI_gradient_table_creator </span><br style="font-family:Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:13px"><span style="font-family:Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:13px">    </span><a href="http://godzilla.kennedykrieger.org/~jfarrell/software_web.htm#DTI_gradient_table_creator" rel="nofollow" style="margin:0px;padding:0px;border:0px;text-decoration:none;color:rgb(102,17,204);font-family:Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:13px" target="_blank">http://godzilla.kennedykrieger.org/~jfarrell/software_web.htm#DTI_gradient_table_creator</a><span style="font-family:Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:13px"> </span><br style="font-family:Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:13px"><br style="font-family:Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:13px"><span style="font-family:Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:13px">     This tool can only parse data in PAR/REC format, however my data are thousands of separate .dcm files from a single patient.</span><div><br style="font-family:Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:13px"><span style="font-family:Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:13px">  2 - DTI gradient table </span><br style="font-family:Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:13px"><span style="font-family:Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:13px">      </span><a href="http://jp.mathworks.com/matlabcentral/fileexchange/41876-dti-gradient-table/content/dti_grad_table.m" rel="nofollow" style="margin:0px;padding:0px;border:0px;text-decoration:none;color:rgb(102,17,204);font-family:Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:13px" target="_blank">http://jp.mathworks.com/matlabcentral/fileexchange/41876-dti-gradient-table/content/dti_grad_table.m</a><span style="font-family:Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:13px"> </span><br style="font-family:Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:13px"><br style="font-family:Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:13px"><span style="font-family:Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:13px">     It only works for a multi-frame dcm file. </span><br style="font-family:Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:13px"><br style="font-family:Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:13px"><span style="font-family:Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:13px">   My questions is: </span><br style="font-family:Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:13px"><span style="font-family:Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:13px">      a - How can i recalculate the gradient table from these .dcm files ? </span><br style="font-family:Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:13px"><span style="font-family:Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:13px">      b - Is there any other tools suited for this situation ? </span><br style="font-family:Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:13px"><span style="font-family:Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:13px">    </span><br style="font-family:Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:13px"><span style="font-family:Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:13px">   Thanks </span><br style="font-family:Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:13px"></div></div>
<br>_______________________________________________<br>
mristudio-users mailing list<br>
<a href="mailto:mristudio-users@mristudio.org">mristudio-users@mristudio.org</a><br>
<a href="http://lists.mristudio.org/mailman/listinfo/" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.mristudio.org/mailman/listinfo/</a><br>
Unsubscribe, send a blank email to: <a href="mailto:mristudio-users-unsubscribe@mristudio.org">mristudio-users-unsubscribe@mristudio.org</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>