<div dir="ltr">Hi Shaimaa,<div><br></div><div>If you don't skull strip, you are doing head-to-head registration. If you skull-strip, it is brain-to-brain registration.</div><div>You could argue the latter would be more accurate if you are interested in the brain.</div>
<div>However, the latter could be influenced by the quality of the skull-strip and it usually requires manual quality control.</div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Mon, May 26, 2014 at 9:19 AM, Shaimaa Abdelsattar <span dir="ltr"><<a href="mailto:shaimaa96@hotmail.com" target="_blank">shaimaa96@hotmail.com</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="auto"><div style="text-align:left;direction:ltr">Thank you very much, i have an inquiry,  should this step be done before normalization to brain atlas, or normalization can be done correctly without this step(skull stripping)?</div>
<div style="text-align:left;direction:ltr"><br></div><div style="text-align:left;direction:ltr">Thanks again </div><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><div style="text-align:left;direction:ltr">Shaimaa</div></font></span><div>
<div class="h5"><div style="text-align:left;direction:ltr"><br></div><div><br>On May 25, 2014, at 9:39 PM, "Dorian P." <<a href="mailto:alb.net@gmail.com" target="_blank">alb.net@gmail.com</a>> wrote:<br><br>
</div><blockquote type="cite"><div><div dir="ltr">Hi Shaimaa,<div><br></div><div>If you did not get help on this, I think skull stripping helps. Those are voxels that we don't really need to have a part in the calculation (and they are not just part of the skull but inferior soft tissues as well).</div>


<div><br></div><div>I used to do skull stripping by coregistering the T1 on FA, running segmentation of T1, and creating a mask of CSF and white matter. Then just multiply the mask with the FA. This can even be done automatically with a batch.</div>


<div><br></div><div>Dorian</div><div>TJU</div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">2014-05-22 9:50 GMT-04:00 Shaimaa Abdelsattar <span dir="ltr"><<a href="mailto:shaimaa96@hotmail.com" target="_blank">shaimaa96@hotmail.com</a>></span>:<br>


<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hello experts,<br>
Is skull stripping a must do step before doing normalization?, if so, what is its importance and how can it be done?<br>
<br>
Thanks<br>
_______________________________________________<br>
mristudio-users mailing list<br>
<a href="mailto:mristudio-users@mristudio.org" target="_blank">mristudio-users@mristudio.org</a><br>
<a href="http://lists.mristudio.org/mailman/listinfo/" target="_blank">http://lists.mristudio.org/mailman/listinfo/</a><br>
Unsubscribe, send a blank email to: <a href="mailto:mristudio-users-unsubscribe@mristudio.org" target="_blank">mristudio-users-unsubscribe@mristudio.org</a><br>
</blockquote></div><br></div>
</div></blockquote><blockquote type="cite"><div><span>_______________________________________________</span><br><span>mristudio-users mailing list</span><br><span><a href="mailto:mristudio-users@mristudio.org" target="_blank">mristudio-users@mristudio.org</a></span><br>
<span><a href="http://lists.mristudio.org/mailman/listinfo/" target="_blank">http://lists.mristudio.org/mailman/listinfo/</a></span><br><span>Unsubscribe, send a blank email to: <a href="mailto:mristudio-users-unsubscribe@mristudio.org" target="_blank">mristudio-users-unsubscribe@mristudio.org</a></span><br>
</div></blockquote></div></div></div><br>_______________________________________________<br>
mristudio-users mailing list<br>
<a href="mailto:mristudio-users@mristudio.org">mristudio-users@mristudio.org</a><br>
<a href="http://lists.mristudio.org/mailman/listinfo/" target="_blank">http://lists.mristudio.org/mailman/listinfo/</a><br>
Unsubscribe, send a blank email to: <a href="mailto:mristudio-users-unsubscribe@mristudio.org">mristudio-users-unsubscribe@mristudio.org</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>