<div dir="ltr">Hi Shaimaa,<div><br></div><div>If you did not get help on this, I think skull stripping helps. Those are voxels that we don't really need to have a part in the calculation (and they are not just part of the skull but inferior soft tissues as well).</div>

<div><br></div><div>I used to do skull stripping by coregistering the T1 on FA, running segmentation of T1, and creating a mask of CSF and white matter. Then just multiply the mask with the FA. This can even be done automatically with a batch.</div>

<div><br></div><div>Dorian</div><div>TJU</div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">2014-05-22 9:50 GMT-04:00 Shaimaa Abdelsattar <span dir="ltr"><<a href="mailto:shaimaa96@hotmail.com" target="_blank">shaimaa96@hotmail.com</a>></span>:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hello experts,<br>
Is skull stripping a must do step before doing normalization?, if so, what is its importance and how can it be done?<br>
<br>
Thanks<br>
_______________________________________________<br>
mristudio-users mailing list<br>
<a href="mailto:mristudio-users@mristudio.org">mristudio-users@mristudio.org</a><br>
<a href="http://lists.mristudio.org/mailman/listinfo/" target="_blank">http://lists.mristudio.org/mailman/listinfo/</a><br>
Unsubscribe, send a blank email to: <a href="mailto:mristudio-users-unsubscribe@mristudio.org">mristudio-users-unsubscribe@mristudio.org</a><br>
</blockquote></div><br></div>