<div dir="ltr">One thing you can try is to segment the ventricle, save it as 0/255 masking file, and load it for the third channel of LDDMM, assuming you are using FA and trace or b0 for the first and the second channel.<div>
<br></div><div>Of course, if the patient anatomy is so much altered that human can't see the anatomy, computers can't either.</div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Tue, Apr 22, 2014 at 8:09 AM, Steven Chen <span dir="ltr"><<a href="mailto:steven.chen@duke.edu" target="_blank">steven.chen@duke.edu</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Dear mristudio users,<br>
<br>
I am performing LDDMM on a group of Krabbe patients that have undergone DTI.  Although the LDDMM results look acceptable on some of the brains; on the extremely diseased brains the LDDMM results are off on certain regions of the brain.  Do you have any suggestions on how to improve the results on the extremely diseased brains?<br>

<br>
Thank you.<br>
_______________________________________________<br>
mristudio-users mailing list<br>
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</blockquote></div><br></div>