<div dir="ltr">Dear developers and Dr. Mori,<div><br></div><div>I am comparing FA for some tracts at two time points. At each time point I acquire 2-3 DTI runs to increase SNR. However, the scanner has malfunctioned for one of the runs in one subject. As a result the B0 image is not saved, but all other DWIs are there. So, I set the collapsed B0 to gradient 100, 100, 100 and align all DWIs to the only B0 available. For some results, the resulting FA is increased a lot.</div>

<div><br></div><div>I tried the same procedure with another subject, when I set one of the B0 to gradient 100, 100, 100, the resulting FA of the tract goes up from 0.51 to 0.62.</div><div><br></div><div>Is there any explanation why this is happening, and whether I should delete completely the collapsed B0 instead of setting it to 100, 100, 100?</div>

<div><br></div><div>Thank you.</div><div>Dorian</div><div>TJU</div></div>