<div dir="ltr"><div class="gmail_quote"><div><div style="direction:ltr;font-size:10pt;font-family:Tahoma"><div style="font-size:16px;font-family:Times New Roman"><div><div dir="ltr"><div class="im"><div>
Dear All,<br>
<br>
</div>
</div><div>We are attempting to do fiber tracking in DTI Studio with scans of a rat brain collected with a Agilent scanner. To start simple, we acquired one 3D dataset with b=0 and 6 others using the Jones gradient table with b=1000. We were able to convert the fdf
 files from the Agilent scanner into dicom files using the new Agilent file conversion tool. Those files can be read into DTI Studio as Philips dicom files. Trying to run the tensor calculations results in &#39;An invalid argument was encountered&#39;. We were able
 to save the 7 datasets into one e.g raw dataset using the save option in DTI Studio, but when we read this data in, the 7 different directions won&#39;t concatenate into a single 3D image. All 7 images are represented, side-by-side, individually in the single
 data file. Again, when we then try to do calculations or put the combined image file into float DTI Studio won&#39;t allow this and the image becomes blank.
<br>
<br>
</div><div class="im">
Could you recommend: <br>
<ul>
<li><i>Another way of reading/converting the fdf files from the Varian scanner into DTI Studio?</i></li></ul>
</div></div><div class="im">
<div dir="ltr">
<ul>
<li><i>Or, an alternative way of concatenating the dicom files to then read into DTI Studio, perhaps an external software package?</i>
</li></ul>
</div>
<div dir="ltr">
<ul>
<li><i>Or, another way of concatenating the dicom files in DTI Studio?</i></li></ul>
</div>
</div><ul>
<li><i>How do we need to save/reorganize the data (e.g. in Matlab) to be able to use DTI Sudio?</i></li></ul><div class="im">
<p><i></i> </p>
<br>
Thank you very much for your time and attention. Any advice would be greatly appreciated.
<br>
<br>
Best wishes,<br>
<br>
Lauren<br>
<br>
<br>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div dir="ltr">Lauren E. Chaby<br>
Ph.D. Candidate, Neuroscience<br>
Masters student, Ecology<br>
<br>
<div>Pennsylvania State University, Braithwaite Lab<br>
Neuroscience Student Society President 
<div>Center for Brain, Behavior, and Cognition Student Leader<br>
222 Forest Resources Building, UP<br>
<div><a href="mailto:Chaby@psu.edu" target="_blank">Chaby@psu.edu</a><br>
</div>
<div><br>
<br>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div></div>
</div>
</div>
</div>

</div><br></div>