<div dir="ltr">Hi, <div>I have successfully gone through the LDDMM pipeline and obtained the results from the server. I have been able to transform my data to the atlas space easily. I am now trying to transform the atlas to the subject space using the combined matrices methodology, as I would like to obtain ROIs in subject space. I resampled my template to isotrpic resolution, and applied the combined matrix (Hmap and inverse AIR) using nearest neighbor for JHU_MNI_SS_WMPM_Type1.</div>
<div><br></div><div style>Unfortunately the updated Lddmm WMPM Type 1 volume seems to be comprised of all zeros, as it appears black in DiffeoMap. </div><div style><br></div><div style>Another error I noticed is that when you try to combine matrices, and need to save the OverallHmap, it defaults to saving &#39;OverallKimap.dat&#39;, don&#39;t know if this is causing a problem. </div>
<div style><br></div><div style>Have similar problems been encountered by anyone? Thanks, </div><div style><br></div><div style>Deepa </div></div>