Hi, <div>I have used the pipeline at <a href="https://www.mristudio.org/wiki/user_manual/diffeomap/GetStarted_DualChannelNormalizationPipeline%3A" target="_blank">https://www.mristudio.org/wiki/user_manual/diffeomap/GetStarted_DualChannelNormalizationPipeline%3A</a> to transform the sample Siemens DICOM data to the JHU_MNI_SS atlas. I am currently trying to segment the CST using the ROI operation rules listed in Table 1 of &#39;Atlas-guided tract reconstruction for automated and comprehensive examination of the white matter anatomy.&#39; I&#39;ve written my own ROI map file that specifies the ROIs and the operations. In Table 1, there are two ROIs listed, two additional AND ROIs, and a list of NOT ROIs. The syntax I have been using for part of the map file is below: </div>
<div><br></div><div>BinaryFile: pathname for ROI 1 </div><div>Operation: 0</div><div>etc. </div><div><br></div><div>BinaryFile: pathname for ROI 2 </div><div>Operation: 1</div><div>etc. </div><div><br></div><div>Binary File: pathname for first additional AND ROI</div>
<div>Operation: 1</div><div>etc. </div><div><br></div><div>Binary File: pathname for second additional AND ROI</div><div>Operation: 1</div><div>etc. </div><div><br></div><div>I do the same for all of the NOT ROIs. </div><div>
<br></div><div>When I do this, there are no tracts visible. Even if I take out all the NOT ROIs, there are still no tracts. I am able to see tracts only if the operations for the first four ROIs are set to zero (OR). I know that this is incorrect, because the AND operation must be used for those four ROIs. </div>
<div><br></div><div>Has anybody encountered a similar problem? </div><div>Thanks, </div><div><br></div><div>Deepa Krishnaswamy </div>