Hi everybody, and happy holidays,<div><br></div><div>I am using DTIstudio in a complex workflow. </div><div><br></div><div>First, I need to make a nonlinear registration using masks on lesioned data. SPM is doing a good job at this point. To apply the transformation matrix produced by SPM, I must export images from DTI studio (analyze format), apply the deformations in SPM and import the files back to DTIstudio. However I am not sure whether a problem arises with the gradient tables not being the same any more. How can I apply the transformation matrix from SPM? Is there maybe a way to convert .mat files to .vtk and do all transofmrations in DTIstudio/Diffeomap?</div>

<div><br></div><div><br></div><div>Second, having both T1 and b0 images in two different sessions, which one is better in theory for registration, T1s or B0s ? In many examples the b0 has been used for linear (AIR) and nonlinear (LBBDMM) registration. But on the other side a b0 is acquired in a fraction of the time of a T1, so may be less stable to artifacts (or with fat artifacts?).</div>

<div><br></div><div>Thank you.</div><div>Dorian</div><div>TJU</div>