Hi,<br>I have a follow-up question regarding calculations using DTIstudio after AIR transformation in Landmarker.&nbsp; I noticed that you can only load the normalized image (B0, DWI, etc.) in MRI view3D, then extract other parameters such as EigenVal, EigenVec, FA etc. through loading the corresponding tensor (.d).&nbsp; However, when this option is used, we lost the ability to get more results (such as Trace, Geometrical index, or radial diffusivity) or save results (semi-automatically through simiply checking) that we would get in DTI-Map options.&nbsp; Although it is true that those measurements can be simply calculated using ROIeditor or offline programs, it would be nice to know if there is a way to load the normalized images (in raw format saved by Landmarker) using DTI-mapping or somehow being able to access DtiMap calculation options.&nbsp; Right now if I go to DTI Mapping &gt;&gt; Raw files &gt;&gt;enter the correct parameters (for example, for the 181x217x181), it would give me an error saying "Number of files in this fold is less than expected: (Img_slices*Img_blocks).<br>Thank you very much for your response.<br>HJ<br><br>----- Original Message -----<br>From: susumu &lt;susumu@mri.jhu.edu&gt;<br>Date: Monday, May 11, 2009 4:45 pm<br>Subject: Re: [Mristudio-users] transformations with AIR in Landmarker<br>To: "'DTI Studio, ROI Editor,        Landmarker Questions/Support'" &lt;mristudio-users@mristudio.org&gt;<br><br><span xmlns:v="urn:schemas-microsoft-com:vml" xmlns:o="urn:schemas-microsoft-com:office:office" xmlns:w="urn:schemas-microsoft-com:office:word" xmlns="http://www.w3.org/TR/REC-html40"><p>   <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=us-ascii"> <meta name="Generator" content="Microsoft Word 11 (filtered medium)"> <!--[if !mso]>  <style>  v\:* {behavior:<span class="SP_MS" id="ms33">url</span>(#default#<span class="SP_MS" id="ms34">VML</span>);}  o\:* {behavior:<span class="SP_MS" id="ms35">url</span>(#default#<span class="SP_MS" id="ms36">VML</span>);}  w\:* {behavior:<span class="SP_MS" id="ms37">url</span>(#default#<span class="SP_MS" id="ms38">VML</span>);}  .shape {behavior:<span class="SP_MS" id="ms39">url</span>(#default#<span class="SP_MS" id="ms40">VML</span>);}  </style>  <![endif]--> <style> <!--  /* Font Definitions */  @font-face         {font-family:"MS Mincho";         panose-1:2 2 6 9 4 2 5 8 3 4;} @font-face         {font-family:Tahoma;         panose-1:2 11 6 4 3 5 4 4 2 4;} @font-face         {font-family:"\@MS Mincho";         panose-1:2 2 6 9 4 2 5 8 3 4;}  /* Style Definitions */  p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal         {margin:0in;         margin-bottom:.0001pt;         font-size:12.0pt;         font-family:"Times New Roman";} a:link, span.MsoHyperlink         {color:blue;         text-decoration:underline;} a:visited, span.MsoHyperlinkFollowed         {color:blue;         text-decoration:underline;} p         {mso-margin-top-alt:auto;         margin-right:0in;         mso-margin-bottom-alt:auto;         margin-left:0in;         font-size:12.0pt;         font-family:"Times New Roman";} span.EmailStyle18         {mso-style-type:personal-reply;         font-family:Arial;         color:navy;} @page Section1         {size:8.5in 11.0in;         margin:1.0in 1.25in 1.0in 1.25in;} div.Section1         {page:Section1;} --> </style>  </p><p>  </p><div class="Section1">  <p class="MsoNormal"><font size="2" color="navy" face="Arial"><span style="font-size: 10pt; font-family: Arial; color: navy;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>For those who are interested in image normalization by Landmarker, here I attached a step-by-step instruction.<o:p></o:p></span></font></p>  <p class="MsoNormal"><font size="2" color="navy" face="Arial"><span style="font-size: 10pt; font-family: Arial; color: navy;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Siewmin, I could transform your data with the default setup using this procedure.<o:p></o:p></span></font></p>  <p class="MsoNormal"><font size="2" color="navy" face="Arial"><span style="font-size: 10pt; font-family: Arial; color: navy;"><o:p><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;</o:p></span></font></p>  <p class="MsoNormal"><font size="2" color="navy" face="Arial"><span style="font-size: 10pt; font-family: Arial; color: navy;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Susumu<o:p></o:p></span></font></p>  <p class="MsoNormal"><font size="2" color="navy" face="Arial"><span style="font-size: 10pt; font-family: Arial; color: navy;"><o:p><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;</o:p></span></font></p>  <div>  <div class="MsoNormal" style="text-align: center;" align="center"><font size="3" face="Times New Roman"><span style="font-size: 12pt;">  <hr tabindex="-1" size="2" width="100%" align="center">  </span></font></div>&nbsp; <p class="MsoNormal"><b><font size="2" face="Tahoma"><span style="font-size: 10pt; font-family: Tahoma; font-weight: bold;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>From:</span></font></b><font size="2" face="Tahoma"><span style="font-size: 10pt; font-family: Tahoma;"> mristudio-users-bounces@mristudio.org [mailto:mristudio-users-bounces@mristudio.org] <b><span style="font-weight: bold;">On Behalf Of </span></b>Siewmin Gan<br> <b><span style="font-weight: bold;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Sent:</span></b> Monday, May 11, 2009 12:21 PM<br> <b><span style="font-weight: bold;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>To:</span></b> DTI Studio, ROI Editor, Landmarker Questions/Support<br> <b><span style="font-weight: bold;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Subject:</span></b> Re: [Mristudio-users] transformations with AIR in Landmarker</span></font><o:p></o:p></p>  </div>&nbsp; <p class="MsoNormal"><font size="3" face="Times New Roman"><span style="font-size: 12pt;"><o:p><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;</o:p></span></font></p>  <p class="MsoNormal"><font size="3" face="Times New Roman"><span style="font-size: 12pt;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Hi Susumu, I have learnt a lot from your correspondence, as usual. Will try as you've suggested.<o:p></o:p></span></font></p>  <div>  <p class="MsoNormal"><font size="3" face="Times New Roman"><span style="font-size: 12pt;"><o:p><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;</o:p></span></font></p>  </div>&nbsp; <div>  <p class="MsoNormal"><font size="3" face="Times New Roman"><span style="font-size: 12pt;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Thanks<o:p></o:p></span></font></p>  </div>&nbsp; <div>  <p class="MsoNormal"><font size="3" face="Times New Roman"><span style="font-size: 12pt;"><o:p><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;</o:p></span></font></p>  </div>&nbsp; <div>  <p class="MsoNormal" style="margin-bottom: 12pt;"><font size="3" face="Times New Roman"><span style="font-size: 12pt;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Siewmin<o:p></o:p></span></font></p>  <div>  <blockquote style="border-style: none none none solid; border-color: -moz-use-text-color -moz-use-text-color -moz-use-text-color rgb(204, 204, 204); border-width: medium medium medium 1pt; padding: 0in 0in 0in 6pt; margin-left: 4.8pt; margin-right: 0in;">  <p class="MsoNormal"><font size="3" face="Times New Roman"><span style="font-size: 12pt;"><o:p><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;</o:p></span></font></p>  <div vlink="blue" link="blue">  <div>  <div class="MsoNormal" style="text-align: center;" align="center"><font size="3" face="Times New Roman"><span style="font-size: 12pt;">  <hr size="2" width="100%" align="center">  </span></font></div>&nbsp; <p class="MsoNormal" style="margin-bottom: 12pt;"><b><font size="2" face="Tahoma"><span style="font-size: 10pt; font-family: Tahoma; font-weight: bold;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>From:</span></font></b><font size="2" face="Tahoma"><span style="font-size: 10pt; font-family: Tahoma;"> <a href="javascript:main.compose('new', 't=mristudio-users-bounces@mristudio.org')" target="1">mristudio-users-bounces@mristudio.org</a> [<a href="javascript:main.compose('new', 't=mristudio-users-bounces@mristudio.org')" target="1">mristudio-users-bounces@mristudio.org</a>] On Behalf Of susumu [<a href="javascript:main.compose('new', 't=susumu@mri.jhu.edu')" target="1">susumu@mri.jhu.edu</a>]<br> <b><span style="font-weight: bold;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Sent:</span></b> Sunday, May 10, 2009 9:39 AM<br> <b><span style="font-weight: bold;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>To:</span></b> 'DTI Studio, ROI Editor, Landmarker Questions/Support'<br> <b><span style="font-weight: bold;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Subject:</span></b> Re: [Mristudio-users] transformations with AIR in Landmarker</span></font><o:p></o:p></p>  </div>&nbsp; <div>  <div>  <div>  <div>  <div>  <p><font size="3" color="navy" face="Times New Roman"><span style="font-size: 12pt; color: navy;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Siewmin raised some important points and I hope other users could gain some important information from this thread.</span></font><o:p></o:p></p>  <p><font size="3" face="Times New Roman"><span style="font-size: 12pt;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;<o:p></o:p></span></font></p>  </div>&nbsp; <div>  <p><font size="3" face="Times New Roman"><span style="font-size: 12pt;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;I got the mean DWI and tensor file from the original 4D DWI. The tensor file is as you've said, which contains &nbsp;"Dxx, Dyy, Dzz, Dxy, Dxz Dyz" in one file. In Landmarker, I loaded only the mean DWI of the subject and then the tensor file with the "open .d" button. The 4D raw DWI is not used in Landmarker or later. With the "linear" option in AIR, I could rotate the tensor and the mean DWI to the template DWI without having to subsample the input data first. The "nonlinear" option requires the subject data (mean DWI and the tensor file) to be of the same dimension as the template (i.e 181, 217, 181 if ICBM81 DWI is used as template). This is noted in the pop up message, and it would only continue once the input files are resampled to the template.&nbsp;<o:p></o:p></span></font></p>  <p><font size="3" face="Times New Roman"><span style="font-size: 12pt;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;<o:p></o:p></span></font></p>  <p><font size="2" color="navy" face="Arial"><span style="font-size: 10pt; font-family: Arial; color: navy;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&gt;It is always advised to do linear transformation first. To start non-linear, you have to make sure that the brain locations and shapes are as similar as possible. This is similar to non-linear fitting. You always have to provide “initial” values close to the real solutions. Otherwise, non-linear fitting could converge to a wrong solution (trapped by “local minima”).</span></font><o:p></o:p></p>  </div>&nbsp; <div>  <p><font size="3" face="Times New Roman"><span style="font-size: 12pt;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;<o:p></o:p></span></font></p>  </div>&nbsp; <div>  <p><font size="3" face="Times New Roman"><span style="font-size: 12pt;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Additionally, I tried affine in the linear registration option. The output DWI of the registration is identical to the input of the DWIs if I used one of my subject's DWI as the template. Using the 2nd order polynomial in nonlinear option, an error message occurs "registration terminated due to a calculation problem, please try a lower order model". It seems to only work if the template is one of those provided in Landmarker.<o:p></o:p></span></font></p>  <p><font size="3" face="Times New Roman"><span style="font-size: 12pt;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;<o:p></o:p></span></font></p>  <p><font size="2" color="navy" face="Arial"><span style="font-size: 10pt; font-family: Arial; color: navy;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&gt; If you can send us two images you are having the problem, we can take a look at why AIR doesn’t work.</span></font><o:p></o:p></p>  <div>  <p><font size="3" face="Times New Roman"><span style="font-size: 12pt;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;<o:p></o:p></span></font></p>  </div>&nbsp; <div>  <p><font size="3" face="Times New Roman"><span style="font-size: 12pt;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>I then saved the rotated tensor file as one file in the .dat format and the linearly registered 3D &nbsp;meanDWI. In MRIview3D, I loaded this new 3D DWI and open this new tensor.dat file with the open.dat button to re-calculates the fa, colour map etc. I viewed the colour map output from this and it looks pretty good, and as described previously. <o:p></o:p></span></font></p>  <p><font size="3" face="Times New Roman"><span style="font-size: 12pt;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;<o:p></o:p></span></font></p>  <p><font size="2" color="navy" face="Arial"><span style="font-size: 10pt; font-family: Arial; color: navy;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&gt; This is the correct procedure.</span></font><o:p></o:p></p>  <p><font size="3" face="Times New Roman"><span style="font-size: 12pt;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;<o:p></o:p></span></font></p>  <p><font size="3" face="Times New Roman"><span style="font-size: 12pt;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>I saved the fa and principal eigenvector file and used them to perform fiber-tracking. The tracts that are manually extracted obtained looks similiar to the fiber tracts from the original raw 4D DWI. <o:p></o:p></span></font></p>  <p><font size="3" face="Times New Roman"><span style="font-size: 12pt;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;<o:p></o:p></span></font></p>  <p><font size="2" color="navy" face="Arial"><span style="font-size: 10pt; font-family: Arial; color: navy;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&gt; That is a good sign.</span></font><o:p></o:p></p>  <p><font size="3" face="Times New Roman"><span style="font-size: 12pt;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;<o:p></o:p></span></font></p>  <p><font size="3" face="Times New Roman"><span style="font-size: 12pt;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>The FA values of these tracts are smaller uniformly in comparison, and the assymetry preserved (i.e the left tract FA is smaller than the right tract FA using the maps calculated from the original and rotated tensor). <o:p></o:p></span></font></p>  <p><font size="3" face="Times New Roman"><span style="font-size: 12pt;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;<o:p></o:p></span></font></p>  <p><font size="2" color="navy" face="Arial"><span style="font-size: 10pt; font-family: Arial; color: navy;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&gt; Normalization requires pixel interpolation, which leads to decreased FA. So you can not compare FA values with and without normalization.</span></font><o:p></o:p></p>  <p><font size="3" face="Times New Roman"><span style="font-size: 12pt;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;<o:p></o:p></span></font></p>  <p><font size="3" face="Times New Roman"><span style="font-size: 12pt;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>If the non-linear option is used, is there a problem that the tensor is subsampled first before it is re-oriented, as described above? <o:p></o:p></span></font></p>  <p><font size="3" face="Times New Roman"><span style="font-size: 12pt;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;<o:p></o:p></span></font></p>  <p><font size="2" color="navy" face="Arial"><span style="font-size: 10pt; font-family: Arial; color: navy;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&gt; As I mentioned above, nonlinear should be AFTER linear transformation. This means, the data are transformed multiple times and pixels are interpolated multiple times. To avoid this, once you did linear (save transformation matrix: T-linear) and nonlinear (save transformation matrix: T-nonlinear), you can combine the T-linear x T-nonlinear using one of the buttons in the LDDMM section. Once you combined all transformation matrices, you can apply it only once to the original image in the native space.</span></font><o:p></o:p></p>  <p><font size="3" face="Times New Roman"><span style="font-size: 12pt;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;<o:p></o:p></span></font></p>  <p><font size="2" color="navy" face="Arial"><span style="font-size: 10pt; font-family: Arial; color: navy;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&gt; Another interesting thing is, there are two ways to transform images; transform your image to an atlas or transform atlas (usually, binary segmentation map) to your original data for automated segmentation. For the latter approach, you don’t have to transform (therefore interpolate) your original data. When you transform the atlas (segmentation map), make sure to use “nearest neighbor” (no interpolation), not the tri-linear interpolation. The segmentation map consists of arbitrary numbers assigned to each segment (e.g. the internal capsule is “1” and the corona radiata is “3”). If you interpolate these two segments and obtain “2” in between these two segments and if “2” means pons, you would get the pons in between the internal capsule and the corona radiata. On the other hand, when you are transforming your data to an atlas space, use the tri-linear interpolation. Otherwise, you could get strange discontinuity artifacts.</span></font><o:p></o:p></p>  <p><font size="3" face="Times New Roman"><span style="font-size: 12pt;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;<o:p></o:p></span></font></p>  <p><font size="3" face="Times New Roman"><span style="font-size: 12pt;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Do you suggest&nbsp;using the affine or non-linear transformation of the DWIs and the corresponding transformation of the tensor? Lastly, I'm&nbsp;not sure if the colour map display is of an issue? It occurs both using the linear affine option and the non-linear option.<o:p></o:p></span></font></p>  <p><font size="3" face="Times New Roman"><span style="font-size: 12pt;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;<o:p></o:p></span></font></p>  <p><font size="2" color="navy" face="Arial"><span style="font-size: 10pt; font-family: Arial; color: navy;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&gt; When everything is working right, the color map should look smooth and clean. Maybe you are using “nearest neighbor” for the tensor transformation?</span></font><o:p></o:p></p>  </div>&nbsp; <div>  <p><font size="3" face="Times New Roman"><span style="font-size: 12pt;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;<o:p></o:p></span></font></p>  </div>&nbsp; <div>  <p><font size="3" face="Times New Roman"><span style="font-size: 12pt;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Thanks<o:p></o:p></span></font></p>  </div>&nbsp; <div>  <p><font size="3" face="Times New Roman"><span style="font-size: 12pt;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;<o:p></o:p></span></font></p>  </div>&nbsp; <div>  <p><font size="3" face="Times New Roman"><span style="font-size: 12pt;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Siewmin<o:p></o:p></span></font></p>  <div>  <p><font size="3" face="Times New Roman"><span style="font-size: 12pt;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;<o:p></o:p></span></font></p>  <div>  <div>  <p><font size="3" face="Times New Roman"><span style="font-size: 12pt;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;<o:p></o:p></span></font></p>  </div>&nbsp; <div>  <div>  <p><font size="3" face="Times New Roman"><span style="font-size: 12pt;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;<o:p></o:p></span></font></p>  </div>&nbsp; <div>  <p><font size="3" face="Times New Roman"><span style="font-size: 12pt;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;<o:p></o:p></span></font></p>  </div>&nbsp; <div>  <div>  <p><font size="3" face="Times New Roman"><span style="font-size: 12pt;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>On Sat, May 9, 2009 at 7:44 AM, susumu &lt;<a href="javascript:main.compose('new', 't=susumu@mri.jhu.edu')" target="_blank">susumu@mri.jhu.edu</a>&gt; wrote:<o:p></o:p></span></font></p>  <div>  <div>  <div>  <div>  <p><font size="3" face="Times New Roman"><span style="font-size: 12pt;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>First, I tried rotating the tensor but had problems with the results. When I look at the colour map from the resulting tensor, it looks ok generally, but there are certain areas of blotchiness and some mixing of colours especially in the sidelines of white matter regions (i.e there can be a striking red line or a blotch of redness in the middle of a green regions within the saggital stratum). These are the steps I took, and would like to check if it is done correctly.<o:p></o:p></span></font></p>  </div>&nbsp; </div>&nbsp; <div>  <div>  <p><font size="3" face="Times New Roman"><span style="font-size: 12pt;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>1. resample mean DWI of subject data (together with the 4D DTI data and the tensor) to DWI of ICBM 81 template. Non-linear transform (2nd order trilinear) the resampled meandwi of subject to dwi of template, and used that to drive the transformation of the resampled 4D DTI and the resampled tensor simultaneously. (The resampled tensor was loaded with the .dat button.) I used MRIview 3D to load the normalised 4D DTI, followed by the normalised tensor with the .dat button, and calculate the fa, colour etc maps from the normalised tensor. I &nbsp;tried various thresholding with AIR but the colour maps problem remains.<o:p></o:p></span></font></p>  <p><font size="3" face="Times New Roman"><span style="font-size: 12pt;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;<o:p></o:p></span></font></p>  </div>&nbsp; <p><font size="2" color="navy" face="Arial"><span style="font-size: 10pt; font-family: Arial; color: navy;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&gt; First of all, I think you don't have to resample DTI images before AIR. AIR can take data with different matrix and pixel sizes and the output images have the same matrix/pixel dimensions as the template (in your case, 181x217x181 of ICBM81).</span></font><o:p></o:p></p>  <p><font size="2" color="navy" face="Arial"><span style="font-size: 10pt; font-family: Arial; color: navy;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&gt; By saying "4D DTI", do you mean raw 4D DWI before tensor calculation? if so, I don't think you want transform raw DWIs. If you want to do anything to raw DTI, you also want to transform the corresponding gradient table, which could be messy. Our tools do not provide methods to transform raw DWIs.</span></font><o:p></o:p></p>  <p><font size="2" color="navy" face="Arial"><span style="font-size: 10pt; font-family: Arial; color: navy;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&gt; When you say, "tensor" data, I assume you are talking about 4D file that contains "Dxx, Dyy, Dzz, Dxy, Dxz, Dyz" images in one file. If so, please make sure that you load this 4D tensor file by the "open .d" button in Landmarker. Once read in Landmarker, the 4D tensor file is disassembled to 6 3D data for Dxx, Dyy, Dzz, Dxy, Dxz, Dyz.</span></font><o:p></o:p></p>  <p><font size="2" color="navy" face="Arial"><span style="font-size: 10pt; font-family: Arial; color: navy;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&gt; Once the AIR is done using mean DWI (your data) - mean DWI (template), the 6 3D tensor element data should be stored all together into one file as a "transformed 4D tensor file".</span></font><o:p></o:p></p>  <p><font size="2" color="navy" face="Arial"><span style="font-size: 10pt; font-family: Arial; color: navy;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&gt; This transformed 4D tensor file needs to be read into DtiStudio to re-calculate new transformed FA, color, vec, etc.</span></font><o:p></o:p></p>  <p><font size="2" color="navy" face="Arial"><span style="font-size: 10pt; font-family: Arial; color: navy;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&gt; The blotch-looking colormap could happen by; 1) transform the color map directly (you should recreate color maps using the recalcuated FA and vector files from the transformed tensor file or 2) you transformed a vector file (transformed vector files should be obtained from the transformed tensor file. Vector can not be directly transformed).</span></font><o:p></o:p></p>  </div>&nbsp; <div>  <p><font size="3" face="Times New Roman"><span style="font-size: 12pt;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;<o:p></o:p></span></font></p>  </div>&nbsp; <div>  <div>  <p><font size="3" face="Times New Roman"><span style="font-size: 12pt;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Second, I tried without rotating the tensor. I calculate the scalar and colour maps from the original 4D DTI data, aligned the maps to AC-PC line, draw rois on them and invert transform the rois back to native dti space to extract the relevant white matter tracts. I had two problems here. 1) &nbsp;with orienting the subjects scalar DWI to &nbsp;another particular subject's DWI with rigid transformation in AIR and 2) Invert transform ROIs drawn on the registered colour map back to the original DTI space. These are the steps I took:<o:p></o:p></span></font></p>  <p><font size="3" face="Times New Roman"><span style="font-size: 12pt;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;<o:p></o:p></span></font></p>  </div>&nbsp; <p><font size="2" color="navy" face="Arial"><span style="font-size: 10pt; font-family: Arial; color: navy;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&gt; Maybe you are transforming raw DWI data? Again, you should not transform raw DWI and recalcuate tensor. You have to first calculate tensor (throw away the raw DWIs) and transform the tensor.</span></font><o:p></o:p></p>  </div>&nbsp; <div>  <p><font size="3" face="Times New Roman"><span style="font-size: 12pt;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;<o:p></o:p></span></font></p>  </div>&nbsp; <div>  <div>  <p><font size="3" face="Times New Roman"><span style="font-size: 12pt;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>1. A subject's data which is acquired // to AC-PC is chosen and other subjects not acquired //to AC are registered to this. Again the meanDWI is used for source and target images, this time using rigid transformation in AIR in Landmarker. However, there is no difference detected after the transformation has taken place. However, if I change the target image from a subject's DWI to the mean DWI of the ICBM 81 template, it works but the source data would be subsampled to that of the ICBM template. I'm not sure why it didn't work in the 1st case?&nbsp;<o:p></o:p></span></font></p>  <p><font size="3" face="Times New Roman"><span style="font-size: 12pt;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;<o:p></o:p></span></font></p>  </div>&nbsp; <p><font size="2" color="navy" face="Arial"><span style="font-size: 10pt; font-family: Arial; color: navy;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&gt; As mentioned above, AIR not only adjust the image orientation and translation, but also the matrix / pixel size..</span></font><o:p></o:p></p>  <p><font size="2" color="navy" face="Arial"><span style="font-size: 10pt; font-family: Arial; color: navy;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&gt; Rigid transformation of AIR is sometimes very cranky. We are working on alternative methods now. please try different threshold or affine.</span></font><o:p></o:p></p>  </div>&nbsp; <div>  <p><font size="3" face="Times New Roman"><span style="font-size: 12pt;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;<o:p></o:p></span></font></p>  </div>&nbsp; <div>  <div>  <p><font size="3" face="Times New Roman"><span style="font-size: 12pt;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Additionally, using either another subject or the template DWI as target image, would yield the an output file (AlignlinearOutput.air) when the transformation has been performed, which I saved the invert_AlignlinearOutput.air. However, when I clicked on these .air files in the folder it is saved as an installer package, I get the following error message&nbsp;"&nbsp;An error has occurred.The application could not be installed because the AIR file is damaged. Try obtaining a new AIR file from the application author." I have installed the air application and placed it in the same folder, together with the alignlinear.exe file. Is it possible to view the transformation matrix files saved or did I not installed the air application appropriately?<o:p></o:p></span></font></p>  <p><font size="3" face="Times New Roman"><span style="font-size: 12pt;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;<o:p></o:p></span></font></p>  </div>&nbsp; <p><font size="2" color="navy" face="Arial"><span style="font-size: 10pt; font-family: Arial; color: navy;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&gt; Maybe Xin can answer this question better, but I'm not sure why you want to open *.air??</span></font><o:p></o:p></p>  <p><font size="2" color="navy" face="Arial"><span style="font-size: 10pt; font-family: Arial; color: navy;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&gt; Once you save the *.air, you can load it back to Landmarker and apply to images by using the "open M" button in the LDDMM section.</span></font><o:p></o:p></p>  </div>&nbsp; <div>  <p><font size="3" face="Times New Roman"><span style="font-size: 12pt;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;<o:p></o:p></span></font></p>  </div>&nbsp; <div>  <div>  <p><font size="3" face="Times New Roman"><span style="font-size: 12pt;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>2. ROIs are drawn on the transformed AC-PC aligned&nbsp;colour maps with ROI-editor.&nbsp;I would like to check if it's OK to draw rois on the transformed colour map?&nbsp;These ROIs would later be used as the start ROI and stop ROI to extract the corresponding white matter tract with DTI studio)&nbsp;<o:p></o:p></span></font></p>  <p><font size="3" face="Times New Roman"><span style="font-size: 12pt;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;<o:p></o:p></span></font></p>  </div>&nbsp; <p><font size="2" color="navy" face="Arial"><span style="font-size: 10pt; font-family: Arial; color: navy;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&gt; Drawing ROIs on color maps is fine. ROI is simply 1/0 information about which pixels you chose and the color maps are simply what is displayed to aid your ROI drawing. </span></font><o:p></o:p></p>  <p><font size="2" color="navy" face="Arial"><span style="font-size: 10pt; font-family: Arial; color: navy;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&gt; If you draw ROI in the atlas space and have a plan to back-transform your ROI files to the native space, there are several things you have to know;</span></font><o:p></o:p></p>  <p><font size="2" color="navy" face="Arial"><span style="font-size: 10pt; font-family: Arial; color: navy;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>1) Atlas space is 1x1x1 and your native space could be 2-3 mm. The ROI defined in the thin 1 mm slice could be lost after transformation to the thick 2-3mm slice. Therefore, you have to create 3D ROIs in the atlas space with at least 3mm thick</span></font><o:p></o:p></p>  <p><font size="2" color="navy" face="Arial"><span style="font-size: 10pt; font-family: Arial; color: navy;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>2) Use nearest neighbor interpolation when you back-transfer. You don't want to get a pixel with 0.3 or 0.4 after transformation. You want 1/0</span></font><o:p></o:p></p>  </div>&nbsp; <div>  <p><font size="3" face="Times New Roman"><span style="font-size: 12pt;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;<o:p></o:p></span></font></p>  </div>&nbsp; <div>  <div>  <p><font size="3" face="Times New Roman"><span style="font-size: 12pt;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>3. I &nbsp;tried to invert-transform these ROIs back to the original DTI space with the previously saved invert_matrix.air file. How is that done in Landmarker and if the previous error message needs to be resolved before I can used the matrix files?&nbsp;<o:p></o:p></span></font></p>  <p><font size="3" face="Times New Roman"><span style="font-size: 12pt;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;<o:p></o:p></span></font></p>  </div>&nbsp; <p><font size="2" color="navy" face="Arial"><span style="font-size: 10pt; font-family: Arial; color: navy;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&gt; Xin, how to do the invert-transformation of *.air?</span></font><o:p></o:p></p>  </div>&nbsp; <div>  <p><font size="3" face="Times New Roman"><span style="font-size: 12pt;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;<o:p></o:p></span></font></p>  </div>&nbsp; <div>  <p><font size="3" color="navy" face="Times New Roman"><span style="font-size: 12pt; color: navy;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Susumu</span></font><o:p></o:p></p>  </div>&nbsp; <div>  <p><font size="3" face="Times New Roman"><span style="font-size: 12pt;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;<o:p></o:p></span></font></p>  </div>&nbsp; <div>  <p><font size="3" face="Times New Roman"><span style="font-size: 12pt;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;<o:p></o:p></span></font></p>  </div>&nbsp; <div>  <p><font size="3" face="Times New Roman"><span style="font-size: 12pt;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;<o:p></o:p></span></font></p>  </div>&nbsp; <div>  <p><font size="3" face="Times New Roman"><span style="font-size: 12pt;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;<o:p></o:p></span></font></p>  </div>&nbsp; </div>&nbsp; </div>&nbsp; <p style="margin-bottom: 12pt;"><font size="3" face="Times New Roman"><span style="font-size: 12pt;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font> _______________________________________________<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font> Mristudio-users mailing list<br> <a href="javascript:main.compose('new', 't=Mristudio-users@mristudio.org')" target="1"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Mristudio-users@mristudio.org</a><br> <a href="http://lists.mristudio.org/mailman/listinfo/mristudio-users" target="_blank"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>http://lists.mristudio.org/mailman/listinfo/mristudio-users</a><o:p></o:p></span></font></p>  </div>&nbsp; <p><font size="3" face="Times New Roman"><span style="font-size: 12pt;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;<o:p></o:p></span></font></p>  </div>&nbsp; </div>&nbsp; </div>&nbsp; </div>&nbsp; </div>&nbsp; </div>&nbsp; </div>&nbsp; </div>&nbsp; <p class="MsoNormal"><font size="3" face="Times New Roman"><span style="font-size: 12pt;"><o:p><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;</o:p></span></font></p>  </div>&nbsp; </div>&nbsp; <div class="MsoNormal" style="text-align: center;" align="center"><font size="3" face="Times New Roman"><span style="font-size: 12pt;">  <hr size="2" width="100%" align="center">  </span></font></div>&nbsp; <p class="MsoNormal"><font size="1" color="gray" face="Arial"><span style="font-size: 7.5pt; font-family: Arial; color: gray;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>This e-mail message (including any attachments) is for the sole use of<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font> the intended recipient(s) and may contain confidential and privileged<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font> information. If the reader of this message is not the intended<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font> recipient, you are hereby notified that any dissemination, distribution<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font> or copying of this message (including any attachments) is strictly<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font> prohibited.<br> <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font> If you have received this message in error, please contact<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font> the sender by reply e-mail message and destroy all copies of the<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font> original message (including attachments).</span></font><o:p></o:p></p>  </div>&nbsp; <p class="MsoNormal" style="margin-bottom: 12pt;"><font size="3" face="Times New Roman"><span style="font-size: 12pt;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font> _______________________________________________<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font> Mristudio-users mailing list<br> <a href="javascript:main.compose('new', 't=Mristudio-users@mristudio.org')"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Mristudio-users@mristudio.org</a><br> <a href="http://lists.mristudio.org/mailman/listinfo/mristudio-users" target="_blank"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>http://lists.mristudio.org/mailman/listinfo/mristudio-users</a><o:p></o:p></span></font></p>  </blockquote>  </div>&nbsp; <p class="MsoNormal"><font size="3" face="Times New Roman"><span style="font-size: 12pt;"><o:p><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;</o:p></span></font></p>  </div>&nbsp; </div>&nbsp;   </span> &gt; _______________________________________________<br>&gt; Mristudio-users mailing list<br>&gt; Mristudio-users@mristudio.org<br>&gt; http://lists.mristudio.org/mailman/listinfo/mristudio-users