Hi everyone,<br><br>I&#39;m in the process of reorienting subjects to a more standard space using 7 landmarks across subjects.  For the most part the transformation matrix saved post rigid/affine transformation is reorienting fiber tracts perfectly (we&#39;re confirming this using FSL).  However some subject&#39;s fiber tracts are going way off when we apply their respective transformation matrices.  They&#39;ll be slanted in the axial view, etc.  Something I&#39;ve noticed is that the subjects whose tracts are mis-rotated are loading into landmarker upside down and require me to remove a (-) sign from their raw image information.  However, not all subjects that load upside down are resulting in fiber tracts that are mis-oriented.<br>
<br>Any suggestions as to why this might be occurring?<br><br>Thanks,<br><br>Paul<br>