Greetings everyone,<br><br>I have been attempting to use Landmarker to
re-orient subject brains to a template provided by the developers (we
successfully changed the template to our dimensions), and I have
several questions regarding rigid transformations.<br>
<br>I have successfully transformed subjects using several anatomical
landmarks (AC/PC, 1st and 2nd mid sagital, most
anterior/posterior/superior/<div id=":8j" class="ii gt">inferior/left/right).  However,
subject brains are still usually a bit slanted in certain views,
post-transformation.  Is there any advice as to how to correct for this
occuring?  Is it likely a landmark placement issue?<br>
<br>Also, once the transformations are made, I have been attempting to
apply the saved landmarks for the subjects to the fiber tracking data
(say for a bilateral cingulum) that we have already produced for that
subject using MRI studio.  However, we are a bit stumped in attempting
to find a way to take that reoriented fiber tract data and view it 3D
on MRI studio without having to redo all the ROI placement, etc.  Any
advice for this?<br>
<br>I have also been experimenting with using the rotation/shift image
buttons to change subject images (I actually used this to fix a problem
with the template, as when we re-sliced it to our dimensions it was
shifted off-center axially/coronally to the user-right).  Would using
these buttons affect the results of a rigid transformation?<br>
<br>Also, I was curious regarding the general algorithm for the rigid
transformation.  Is it a similar one to AFNI&#39;s manual Talairaching(?)
or does Landmarker simply re-orient the brain in a way such as to
minimize the variance in distance between all the placed landmarks?<br>
<br>Many thanks for your assistance,<br><font color="#888888"><br>Paul</font></div><br clear="all"><br>