<FONT face="Default Sans Serif,Verdana,Arial,Helvetica,sans-serif" size=2><DIV>Almost an easy answer from a victom or user of such data.</DIV><DIV>&nbsp;</DIV><DIV>Generally, the DTI scans from a specific scanner will use the same gradients </DIV><DIV>built into the series requested.&nbsp;</DIV><DIV>*&nbsp;Unless a software update occurrs.<BR>* Unless the scan ordered uses a different set of protocols </DIV><DIV>* Some other unknown reason</DIV><DIV>&nbsp;</DIV><DIV>In GE scanners for instance:</DIV><DIV>From 1998 to about 2005 GE used the first set you stated.</DIV><DIV>At some software level of ver 09 or 12, they started to include the </DIV><DIV>gradients in the DICOM header of each individual image, that is,</DIV><DIV>the B0 image would contain in </DIV><DIV>0019,10BB 0019, 10BC 0019,10BD&nbsp; the vecors for X Y and Z for that direction</DIV><DIV>&nbsp;&nbsp; B0 would contain 0 0 0 and the image for the next direction would contain&nbsp;0.707</DIV><DIV>or 0.7071 etc.&nbsp; </DIV><DIV>&nbsp;</DIV><DIV>At somewhere in ver 12 Mod 4 or 5&nbsp;GE started to use a different set of vectors.</DIV><DIV>This occurred for me in mid 2006 and was discovered in 2007. </DIV><DIV>&nbsp;</DIV><DIV>So </DIV><DIV>Yes they should be the same, </DIV><DIV>No if they are different - see the lead tech, </DIV><DIV>If GE check the DICOM header of a non-B0 image </DIV><DIV>check the vendors tech </DIV><DIV>Check that the scan was one commonly used.</DIV><DIV>&nbsp;</DIV><DIV>And finally,&nbsp; </DIV><DIV>If a brain scan, check the color 0 image set </DIV><DIV>to see if the directional colors make&nbsp; sense,</DIV><DIV>that structures you expect to be blue ( ie Posterior limb of the inner capsule) are blue</DIV><DIV>and so forth.&nbsp; </DIV><DIV>&nbsp;</DIV><DIV>Wrong vector sets will show as unexpected colors and possibly higher FA values.</DIV><DIV>Finding the right gradients can be a detective's work. </DIV><DIV>&nbsp;</DIV><DIV>Especially if your study includes several vendors, several sites, 4 years of scans.&nbsp; &nbsp;</DIV><DIV><BR><BR><BR>Thanks&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Jim Neeley, <BR>Neuroradiology research assistant,&nbsp;&nbsp;&nbsp;Cell: 919-696-6105 FAX: 919 684-7153 Office: 684-7434, MRI: 684-7405 Snail: DUMC 3808<BR></DIV><DIV><DIV><BR></DIV><FONT color=#990099>-----mristudio-users-bounces@mristudio.org wrote: -----<BR><BR></FONT><BLOCKQUOTE style="PADDING-RIGHT: 0px; PADDING-LEFT: 5px; MARGIN-LEFT: 5px; BORDER-LEFT: #000000 2px solid; MARGIN-RIGHT: 0px">To: "DTI Studio, ROI Editor, Landmarker Questions/Support" &lt;mristudio-users@mristudio.org&gt;<BR>From: Igor Yakushev &lt;neuroscience@rambler.ru&gt;<BR>Sent by: mristudio-users-bounces@mristudio.org<BR>Date: 2009.02.26 12:12PM<BR>Subject: [Mristudio-users] Scanner-specific gradients?<BR><BR><FONT face="Default Monospace,Courier New,Courier,monospace" size=2>Dear Susumu, dear Users,<BR><BR>I have a beginners question:<BR>Should be the combination of gradients the same for all subjects imaged <BR>with the same scanner (i.e. scanner-specific gradients)? Or the <BR>gradients may be different for different scans/subjects (i.e. <BR>scan-specific gradients)? Such &#8220;individual&#8221; gradients (bvec) can be <BR>calculated using e.g. MRIcron.<BR><BR>For example, gradient table (as provided by radiologists) in the first <BR>case looks like:<BR><BR>0: 0, 0, 0<BR>1: -0.7, 0, -0.7<BR>2: 0.7, 0, -0.7<BR>3: 0, 0.7, -0.7<BR>4: 0, 0.7, 0.7<BR>5: -0.7, 0.7, 0<BR>6: 0.7, 0.7, 0<BR><BR>in the second case (calculated with MRIcron) completely different:<BR><BR>0: 0.000, 0.000, 0.000<BR>1: 0.704, -0.146, -0.695<BR>2: -0.710, -0.146, -0.689<BR>3: 0.004, 0.546, -0.838<BR>4: 0.003, 0.838, 0.546<BR>5: 0.706, 0.692, -0.149<BR>6: -0.708, 0.692, -0.142<BR><BR>Accordingly, results (tracks originated from the same ROI) are very <BR>different.<BR><BR>Thanks,<BR>Igor<BR>_______________________________________________<BR>Mristudio-users mailing list<BR>Mristudio-users@mristudio.org<BR><A href="http://lists.mristudio.org/mailman/listinfo/mristudio-users" target=blank>http://lists.mristudio.org/mailman/listinfo/mristudio-users</A><BR></FONT></BLOCKQUOTE><BR></DIV></FONT>