<div>Hi Susumu,</div>
<div>&nbsp;</div>
<div>Thanks a lot for your detailed instruction. I&#39;ll try them.</div>
<div>&nbsp;</div>
<div>&nbsp;</div>
<div>Jim</div>
<div>&nbsp;</div>
<div>-----------------------------</div>
<div>There are three ways for skull stripping in RoiEditor.<br><br><br><br>1) Simple thresholding: This produce the same results as the DtiStudio&#39;s<br>masking function.<br><br>2) Region growing: if you use this function together with b0 or average(all<br>
DWIs), you should be able to achieve very decent skull stripping. We use<br>this routinely. We use average(DWIs) often.<br><br>3) Skull-stripping button: The region growing may leak out to some tissues<br>outside the brain if high-intensity areas of the brain and outside tissues<br>
are connected. This skull-stripping function poses some restrictions in the<br>shape of the object. Namely, the brain surface should be smooth without<br>anything budding out in an extreme manner. If the region growing function<br>
consistently leaks out and defines tissues outside the brain, you can try<br>this function. This function also allows you to load &quot;second image&quot;, such as<br>an anatomical T2. The brain contour defined by b0 or average(DWIs) will be<br>
superimposed on the second image (please note, the brain contour will not<br>align perfectly because of subject motion and DTI (EPI)-related brain<br>distortion). This b0-defined contour then will be used as an initial guess<br>
of the brain contour of the second image and do the skull strip. We use this<br>function for skull-strip of co-registered T2 (and T1). It works decently,<br>but not perfect (I&#39;ve never seen any perfect automated skull-strip that<br>
works for all images anyway).<br><br><br><br>susumu<br><br></div>